O Zoológico do CIGS teve sua origem em 1967, a partir da necessidade de apresentar aos alunos do então Curso de Guerra na Selva (CGS) elementos da fauna e da flora amazônica, conhecimentos esses importantes na formação dos Guerreiros de Selva. A partir de 1969, foi aberto ao público em geral, já com o seu acervo bastante aumentado, oriundo de doações dos moradores do entorno do CIGS, passando por diversas modificações ao longo dos anos.

No ano de 1999, ele passou por um processo de modernização das suas antigas instalações em um projeto que contou com o apoio do Governo do Estado do Amazonas, da Prefeitura Municipal de Manaus e da Superintendência da Zona Franca de Manaus (SUFRAMA), aumentando não só o número de recintos para melhor abrigar as espécies da floresta amazônica como, também, para melhor acolher o público visitante.

Atualmente, o Zoológico ocupa uma área de 45.000 m², coberta em sua maior parte de vegetação amazônica preservada.

Considerado um dos principais pontos turísticos de Manaus, possui em seu acervo somente animais amazônicos brasileiros, contando com um plantel de mais de 1.000 animais.

O Zoo CIGS prioriza a educação ambiental, a pesquisa, a conservação e o acolhimento, onde todos os animais são oriundos de órgãos ambientais e criadouros autorizados.

Apresenta várias áreas de visitação, tais como: Recintos Animais, Sala Entomológica, Aquário Amazônico, Memorial Jorge Teixeira, Sala de exposição Exército Brasileiro - Presença na Amazônia e a OCA do Conhecimento Ambiental. É administrado pela Divisão de Veterinária do CIGS, setor responsável também pelas propostas educativas do Zoo CIGS, por meio da Educação Socioambiental (OCA).

O Zoo CIGS por estar inserido dentro de um fragmento de floresta amazônica recebe a visita de animais de vida livre, que por vezes podem ser avistados durante uma caminhada (preguiças, garças, pica-paus, macacos micos, dentre outros).