O Museu Biológico é o primeiro museu do Instituto Butantan e está localizado em um edifício histórico, na antiga cocheira de imunização construída na década de 1920. Ele conta com uma exposição zoológica viva e permanente. Serpentes, aranhas e escorpiões podem ser vistos em recintos que recriam seu habitat nataural. Além disso, outros animais como lagartos, peixes e insetos também fazem parte da exposição.

No Museu Biológico, grande parte dos animais são representantes da fauna brasileira e a exposição tem como objetivo apresentar animais vistos comumente como “assustadores” ou “nojentos” em seu contexto ambiental natural, ressaltando a importância dos diferentes organismos na manutenção dos ecossistemas. Além disso, painéis e placas trazem informações específicas sobre veneno e acidentes ocasionados por estes animais.