O Aquário Amazônico do Zoológico do CIGS foi inaugurado em 11 de dezembro de 2014. Ele tem suporte para comportar mais de 30 (trinta) espécies de peixes, tanto ornamentais como peixes de médio e grande portes, todos representantes da fauna ictiológica amazônica. Contém, ainda, 4 (quatro) tanques com profundidade média de 2m, com suporte para 15m3 de água.

Em 2023, o aquário passou por reformas estruturais e foi reinaugurado em 28 de julho do mesmo ano. A reforma e reativação do Aquário Amazônico do Zoo CIGS foi fruto de uma parceria entre o Comando Militar da Amazônia (CMA), a 12ª Região Militar (12ª RM), o CIGS, o Ministério Público do Trabalho do Amazonas e Roraima (MPT – AM/RR) e a Empresa ZooFish, transformando a forma como o Exército Brasileiro se conecta com a população. Com isso, pode ser enfatizada a importância estratégica e o comprometimento das instituições militares na proteção, na defesa e no desenvolvimento da Amazônia.

Com essa parceria, o CIGS fortalece a conexão entre o Exército Brasileiro e a preservação, promovendo junto ao público visitante a conscientização e a responsabilidade ambiental.

Um dos pontos que chamam a atenção após a reforma realizada são as novas estruturas internas dos tanques que simulam o fundo dos rios da Amazônia com água barrenta. Além disso, as tonalidades transparentes das águas criam melhores condições para visualização das espécies, sempre prontas para encantar os visitantes com a rica biodiversidade da região, que atualmente possui aproximadamente 700 peixes, desde as espécies comerciais até as ornamentais.

Destacam-se os peixes de grande porte como o Pirarucu (Arapaima gigas), o Tambaqui (Colossoma macropomum) e o Bagre (Pseudoplatystoma fasciatum), além do Jaraqui (Semaprochilodus taeniurus) e da Piramboia (Lepidosiren paradoxa), uma das espécies amazônicas de peixe pulmonado. Os peixes ornamentais que mais chamam atenção são os cardinais e os neons tetras, que possuem tonalidade fluorescente, destacando-se por seu brilho natural e que são espécies endêmicas do rio Negro.